こんばんは。
私はタマネギは数回しか育てたことがないのですが、大きく育った年と、大きく育たなかった年があります。
写真を拝見した感じでは、中が腐ったりしていなさそうなので、特に病気ではないと思います。
タマネギが大きく育たない理由はいくつかあるみたいですが、今回の場合は、もともと植え付けたときの苗の良し悪しでサイズが変わったり、植え付けた間隔が狭かったところが大きくならなかったりしたのかなと思いました。写真左側のタマネギは立派に育っていますね！小さい方も、それほど小さくなく見えます。すごいですね！