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こんにちは。
黒石とは、黒い石でしょうか？
私はパキラを黒石で育てたことはないのでわからないのですが、ハイドロボールやセラミス、ジェルボールで育てたことはあります。
枝の部分がずっと水につかっていると、根腐れしやすいと思います。ジェルボールやハイドロボール、セラミスで育てる場合も、水は器の1/3入っているくらいがいいみたいですね。
いろいろ試してみた結果では、水にさしておくだけで育つポトスみたいな植物以外は、やっぱり普通の土（観葉植物用の土など）の方が育ちやすいなあと実感しています。パキラであれば、大きく育ったパキラから緑の茎をカットして水にさし、根が出たものを水耕栽培すれば、木の部分が無いので根腐れしにくいかなと思います。
育てる環境もそれぞれ違うので、いろいろ試してみたら楽しいですよね。上手に育ったら教えてほしいです！