根の姿も面白いので、見せてもオシャレだと思いますが、
赤ラインで真っ直ぐ埋めて問題ありません (*^^*)

アデニウムの植え替えは成長期に行うので、葉っぱがある状態になります。
時期としては秋までにやれば良いので、
葉が幼く心配でしたら、もぅ少しだけ待って、
ただ、梅雨を避けたほうが無難なので、晴れて乾いた日に植え替えると、より安全です。

お二方のコメントから水やり管理が難しくなりそうなので、塊根植物用土をメインに化粧砂代わりにセラミスを敷こうと思います。ありがとうございました！
　追加の質問で申し訳ないのですが、根が偏って大きくなったので現在鉢に対して少し斜めに植っています。
①垂直に植えたいのですが、画像の赤ラインのところまで埋めても問題ないでしょうか？
②今年はまだ葉が2枚しか出ていないのですが　この状態で植替えしても成長止まったりし　ませんか?

オプティミストさんのおっしゃる通り、水やりが要注意になるので、乾燥気味、水はけ良しを好むアデニウムにあえて使わないで、他の観葉に使うのもよいのではと思いました。

植え替えで気を付けるのは、植え替え前は完全に土を乾かしてから行うことです。また、棒でつつきながら隙間を埋めていくのは、普通に土を入れるとカブと土の間に隙間ができて株がぐらぐらしないようにするためです。隙間が埋まってきっちりと土が入ると株がぐらぐらしなくなるので、しなくなるまで棒で土をつつきながら土を足す作業を繰り返すとよいですよ。

セラミスで大丈夫ですが、水やり要注意。
ハイドロボールは底に水を溜めて管理しますが、セラミスは水を溜めない様に。

２年も育てて大きくされてるので、言うまでもナイですが、
アデニウムは、とにかく水ハケを良くしないとですからネ。

植え替え時は、棒で突ツキながらスキマを埋め込みます。